为了加深各位锐粉对该文件以及《国务院办公厅关于印发国家科技重大专项组织实施工作规则的通知》（国办发〔2016〕105号）、《国家科技重大专项（民口）管理规定》（国科发专〔2017〕145号）等办法的认识和理解，动源君对《民口科技重大专项资金管理暂行办法》(财教〔2009〕218号)和财科教〔2017〕74号进行一下政策对比。需要说明的是，这只是锐动源编辑部根据现有政策的梳理，非官方解读，最终执行请参照国家相关文件规定。
　  01 总则部分增加了重大资金的使用和管理应遵循的原则。
　  即明确：
　  （一）集中财力，聚焦重点。聚焦国家重大战略产品和重大产业化目标，发挥举国体制的优势，集中财力，突出重点，避免资金安排分散重复。
　  （二）放管结合，权责对等。进一步转变政府职能，坚持做好“放管服”，充分发挥相关管理机构的作用，明确职责，强化担当，落实资金管理责任。
　  （三）多元投入，注重绩效。坚持多元化投入原则，积极发挥市场配置技术创新资源的决定性作用和企业技术创新的主体作用，突出需求牵引和成果绩效导向，提高资金使用效益。
　  （四）专款专用，单独核算。各种渠道获得的资金都应当按照“专款专用、单独核算”的原则使用和管理。
　  02 组织管理体系增加了部际联席会议、专业机构，去掉了重大专项领导小组这一层级。
　  即明确：在部际联席会议制度下，科技部会同发展改革委、财政部负责组织重大专项实施方案（含总概算和阶段概算）编制论证，开展阶段实施计划（含分年度概算，下同）、年度计划综合平衡工作，统筹协调重大专项与国家其他科技计划（专项、基金等）、国家重大工程的关系；组织重大专项的监测评估、检查监督和总结验收等。
　  专业机构接受部际联席会议办公室与牵头组织单位的共同委托，负责重大专项项目（课题）的具体管理工作。负责组织项目（课题）立项、预算评审、提出年度计划建议；负责与项目（课题）牵头承担单位签订项目（课题）任务合同书（含预算书，下同）；按规定程序审核批复预算调剂；负责项目（课题）过程管理、结题验收和决算；定期报告年度资金使用情况；督促项目（课题）预算执行，监督检查项目（课题）资金使用情况；建立健全重大专项项目（课题）资金管理、财务验收、内部监督等制度，以及预算执行人失信警示和联合惩戒机制等。
　  03 增加了重大专项概算管理这一章节。
　  明确：重大专项概算是指对专项实施周期内，专项实施所需总费用的事前估算，是重大专项预算安排的重要依据。重大专项概算包括总概算、阶段概算和分年度概算。
　  04 在资金核定方式及开支范围这一章体现了对中办发50号精神的贯彻落实。
　  具体为：设备费取消“对于使用重大专项资金购置的单台/套/件价格在200万元以上的仪器设备，应当按照《中央级新购大型科学仪器设备联合评议工作管理办法（试行）》的有关规定执行。”的规定。
　  测试化验加工费增加了分析的费用，明确测试化验加工费是指在项目（课题）实施过程中支燃料动力费不再强调单独计量。明确为燃料动力费是指在项目（课题）实施过程中相关大型仪器设备、专用科学装置等运行发生的水、电、气、燃料消耗费用等。
　  将差旅费、会议费、国际合作交流费进行了合并。并明确在编制项目（课题）预算时，本科目支出预算不超过直接费用10%的，不需要提供预算测算依据。承担单位和科研人员应当按照实事求是、精简高效、厉行节约的原则，严格执行国家和单位的有关规定，统筹安排使用。
　  对劳务费的开支范围进行了重新明确。即在项目（课题）实施过程中支付给参与研究的研究生、博士后、访问学者以及项目（课题）聘用的研究人员、科研辅助人员等的劳务性费用。
　  专家咨询费的标准进行了调整规定按按相关规定执行。动源君注：因新的专家咨询费办法尚未出台，先执行原办法。
　  取消了间接经费中对绩效支出的比例限制。原规定为“间接费用由财政部根据重大专项、项目（课题）的特点、项目（课题）承担单位性质等因素核定。间接费用一般不超过直接费用扣除设备购置费和基本建设费后的13%，其中用于科研人员激励的相关支出一般不超过直接费用扣除设备购置费和基本建设费后的5%。新规定取消了这个比例限制。
　  取消了不可预见费用的规定，增加了对重大专项管理工作经费使用和管理的相关规定。明确了管理工作经费开支范围包括：会议费、差旅费、专家咨询费、劳务费、审计/评审评估/招投标/监理费、出版物/文献/信息传播费、设备购置费及其他费用等。
　  05 将原来的“前补助项目（课题）预算管理”“后补助项目（课题）经费管理”“监督管理”等章节调整为“预算编制与审批”预算执行等章节。
　  将原来的“前补助项目（课题）预算管理”“后补助项目（课题）经费管理”“监督管理”等章节调整为“预算编制与审批”预算执行等章节。
　  具体调整为将预算的评审改为专业机构委托具有独立法人资格的、具有相应资质的第三方机构进行预算评审。
　  规定专业机构的工作职能。一是提出年度计划建议报牵头组织单位，牵头组织单位审核同意后，于每年9月底前将下一年年度计划报三部门综合平衡。财政部根据三部门综合平衡意见核定年度预算，按规定程序下达牵头组织单位，同时抄送科技部、发展改革委。二是专业机构应按照有关规定公示拟立项项目（课题）名单和预算（涉密内容除外），并接受监督。三是牵头组织单位根据三部门综合平衡意见和财政部预算批复，向专业机构下达项目（课题）立项批复（含预算）。四是专业机构根据立项批复（含预算）与项目（课题）牵头承担单位签订项目（课题）的任务合同书。
　 06 明确了重大专项不再通过特设账户拨付。
　  明确自2018年1月1日起，重大专项资金不再通过特设账户拨付，资金支付按照国库集中支付制度有关规定执行。取消特设账户有关事项另行规定。
　  07 强调了承担单位应当严格执行国家有关支出管理制度。
　  对应当实行“公务卡”结算的支出，按照中央财政科研项目使用公务卡结算的有关规定执行。对设备费、大宗材料费和测试化验加工费、劳务费、专家咨询费等支出，原则上应当通过银行转账方式结算。对野外考察、心理测试等科研活动中无法取得发票或者财政性票据的，在确保真实性的前提下，可按实际发生额予以报销。
　  08 对于项目（课题）结余资金的使用进行了明确。
　  即规定（不含审计、年度监督评估等监督检查中发现的违规资金），项目（课题）完成任务目标并一次性通过验收，且承担单位信用评价好的，结余资金按规定留归承担单位使用，2年内（自验收结论下达后次年的1月1日起计算）统筹安排用于科研活动的直接支出。2年后结余资金未使用完的，按规定原渠道收回。
　  09 由原来的“监督管理”改为“监督检查”即按照新的组织管理体系，进一步明确了三部门、牵头组织单位、专业机构和承担单位各自的分工与职责。进一步强化了专业机构和承担单位的工作职责。
　  专业机构应当建立健全资金监管制度，组织开展重大专项资金的管理和监督，并配合有关部门监督检查，对发现问题的承担单位，采取警示、约谈等方式，督促整改，追踪问责。
　  专业机构应当在每年末总结当年的重大专项资金管理和监督情况，并报牵头组织单位备案。
　  承担单位应当按照本办法和国家相关财经法规及财务管理制度，完善内部控制和监督制约机制，加强支撑服务条件建设，提高对科研人员的服务水平，建立常态化的自查自纠机制，保证项目（课题）资金安全。
　  承担单位应当强化预算约束，规范资金使用行为，严格按照本办法规定的开支范围和标准支出，严禁使用重大专项资金支付各种罚款、捐款、赞助等，严禁以任何方式牟取私利。承担单位应当建立健全各种费用开支的原始资料登记和材料消耗、统计盘点制度，做好预算与财务管理的各项基础性工作。